В 1954—1959 команда «Динамо» в чемпионатах СССР не участвовала. В 1960 г. взамен расформированной команды «Трудовые резервы» на футбольной карте СССР вновь появилось имя «Динамо», но уже в классе «Б».
После сезона 2003 года клуб прекратил существование.
В 2004 г. была предпринята попытка возродить команду, заявив в первенство Северо-Западного региона, однако буквально за несколько дней до первого матча сезона заявка «Динамо» была отозвана, а коллектив отписан от общества. Впоследствии этот коллектив был заявлен на первенство Северо-Западного региона под именем «Дискавери».
В 2004—2006 команда «Динамо» в первенстве России не участвовала.
В марте 2007 года на основании решения Центрального совета Общественно-государственного объединения Всероссийского физкультурно-спортивного общества «Динамо» футбольный клуб «Динамо» был воссоздан на базе клуба «Петротрест».
22 октября 2009 года, за два тура до финиша первенства, «Динамо» заняло первое место в зоне «Запад» Второго дивизиона ПФЛ и завоевало право на выступление в Первом дивизионе.
Со 2 октября 2008 по 18 ноября 2009 команду тренировал Эдуард Малофеев. С 23 декабря по 15 апреля команду возглавлял Александр Аверьянов. После его отставки исполняющим обязанности главного тренера был назначен 23-летний Григорий Алексеевич Михалюк, уже самостоятельно тренировавший команду на Кубке ПФЛ 2009 года.
19 мая 2010 года главным тренером команды был назначен Борис Журавлёв,[8] в июле Малофеев вернулся на пост главного тренера.В середине августа, после того как клуб опустился на последнее место, главным тренером стал Сергей Францев. Малофеев перешёл на должность тренер-консультанта. С ноября исполняющим обязанности главного тренера вместо Францева стал Игорь Зазулин.
В конце 2010 года команда «Динамо» перешла от Президента Леонида Цапу к Борису Вахрушеву


