До 1999 года назывался «Политехник». Лучшее достижение в чемпионатах России — 10 место в сезоне 2000/01.
Первые три сезона «Политехник» выступал только в городских соревнованиях, пока в 1998 году не дебютировал в дивизионе «Б» Первой лиги. Заняв в нём первое место, в следующем году клуб, сокративший название до «Политеха», участвовал уже в дивизионе «А» и вновь сумел добиться повышения в классе.
В сезоне 2000-01 петербуржцы дебютировали в Высшей лиге — высшем дивизионе в структуре российского мини-футбола. За три сезона, проведённые там, лучший результат «Политех» показал именно в дебютный год — десятое место. В 2003 году была образована Суперлига, в состав которой петербургский клуб по спортивному принципу не попал — помешало пятнадцатое место в сезоне 2002-03.
Взяв сезонную паузу, в 2004 году «Политех» заявился в Высшую лигу — второй по силе российский дивизион. За 2 года клуб сумел выполнить задачу выхода в Суперлигу. Первые три сезона в ней петербуржцы провели неудачно, не сумев подняться выше 10 места.


